2006年，警务飞行队以创新工作形式、拓展警用航空业务为重点，以开展“排头兵”实践活动和“三基”工程建设为契机，强化“科学建设、规范管理、打牢基础、创建名牌”意识，较好地完成了广深、京珠、环城高速公路整治，台山海上救援、韶关抗洪救灾、大亚湾海上打私和全国警用航空综合演练、全省珠三角八市特警拉动演练等重大任务。全年共安全飞行475架次，340小时07分。荣获省委、省政府颁发“抗洪救灾模范集体”荣誉称号，立集体一等功。
6月29日凌晨4时，厅警务飞行队自2002年成立以来的首次执行夜间海上搜救行动，派出EC135直升机赶赴江门台山海域，经过近2小时的飞行救援，成功救起沉船上全部10名船员。
7月中旬，韶关发生重特大洪灾，警务飞行队在极其恶劣的天气条件下，克服重重困难，连续作战，共出动直升机94架次，飞行84小时，营救除危难被困群众57名，向13个受灾点投放救灾物资29余吨，为保护灾区人民群众的生命财产安全作出了突出贡献。
9月25日至10月29日，省警务航空队3架直升机（其中厅警务飞行队2架，深圳市公安局飞行大队1架）经韶关、长沙、武汉、明港4站加油，穿越4省，空中飞行1300多公里，转场河南郑州，参加了公安部组织的“警鹰—06”全国警务飞行综合演练，进行着陆机降、吊运物品、悬停机降、索降、空中救护和编队通场等课目的演示。检验了我省警务航空队的快速机动能力、综合保障能力和与其他警种的协同作战能力，达到了锻炼队伍、交流方法、积累经验、展示广东警航风采的目标。
